La méthode de remplacement est-elle à privilégier pour l’apprentissage des homophones ? 

Non.
En ce qui concerne les apprentissages liés aux homophones, le programme privilégie une méthode d’observation du contexte d’utilisation du mot aux dépens d’une méthode de commutation (remplacement).
Vous retrouvez les attendus liés aux homophones dans le programme de P3/P4 (1.5, p.32 ; 2.5, p.62 ; 3.5, p.100 ; 4.5, p.134) dans celui de P5/6 (1.5, p.32 ; 2.5, p.66 ; 3.5, p.106 ; 4.5, p.138).
Concrètement, il s’agit en priorité d’observer (la place du mot dans la phrase, des mots qui l’entourent, la classe) plutôt que de remplacer. En effet, le remplacement automatisé, en plus d’être imparfait et régulièrement inapplicable, ne permet pas à l’élève d’appréhender le sens du mot qu’il utilise.
En outre, il est préférable d’éviter les exercices traditionnels basés sur le regroupement de sons (a/à, par exemple) mais plutôt de centrer l’apprentissage sur le regroupement de sens (a/ont). On évitera également les apprentissages de plusieurs homophones en même temps.
Toutefois, les deux méthodes peuvent se conjuguer si vous y trouvez un intérêt pour un ou des élèves et à condition que l’enseignement du « sens » prédomine.